2xExplorerでは、コマンドラインオプションを使うことによって、2xExplorer起動時の、左（上）ペインで開くフォルダ、右（下）ペインで開くフォルダ、使用するレジストリの３つを指定することができます。文法は次のとおりです。
使用するレジストリについて説明します。2xExplorerでは通常、レジストリの
"HKEY_CURRENT_USER\Software\ZabaraKatranemia Plc\2xExplorer"に設定や履歴などの情報を書き込みますが、コマンドラインオプションで例えば"/S:OTHER"と指定すれば、書き込む場所を
"HKEY_CURRENT_USER\Software\ZabaraKatranemia Plc\2xExplorerOTHER"に変更できるわけです。家族と共用で2xExplorerを使っている方、一人でいくつも設定や履歴を保存しておきたい方にうってつけの機能です。
ここで、実際の使用例を示します。例えば、
と指定すると、起動と同時に左(上）ペインにマイドキュメントが、右（下）ペインにDドライブのルートフォルダが展開されます。３つのうちいくつか指定する必要がない場合はその部分を略して結構です。ただし、右ペインだけを指定したい場合は下記のように書く必要があります。
これらのコマンドラインオプションは、毎回スタートメニューの「ファイル名を指定して実行」から実行してもよいですが、いつも同じものを使う場合には、デスクトップなどに置いてある2xExplorerのショートカットに書いてしまいましょう。ショートカットを右クリックしてプロパティを選ぶとダイアログが起動します。コマンドラインオプションを書く場所はその中の「リンク先」という場所です。書き終わったらOKを押してください。これで、そのショートカットを使って2xExplorerを起動したとき、毎回指定したオプションが反映されます。